以我国入河排污口监督管理为切入点,探究发现我国水体保护存在两套法律体系——分别是以《中华人民共和国水污染防治法》和《中华人民共和国水法》为统领的水污染防治法体系和水资源保护法体系,其在立法理念和主要法律制度等方面有着较严重的不协调、甚至矛盾与冲突。归其原因,既有立法技术的局限如法律文本的多义与模糊性所致,又有我国环境资源立法的部门本位主义倾向使然。化解水体保护法律体系冲突的关键在于重塑统一的立法理念,应用协同合作的立法模式协调不同法律体系间的监管制度和执法体系。